Mikromacierze zawierają jednoniciowe oligonukleotydy z sekwencjami z ludzkiego genomu w celu ułożenia interesującego nas regionu przytwierdzonego do powierzchni. Genom DNA jest przecinany, aby utworzyć fragmenty dwuniciowe. Fragmenty poddawane są naprawie końcowej w celu wytworzenia tępych końców i dodawane są adaptery z uniwersalnymi sekwencjami inicjującymi. Te fragmenty hybrydyzuje się z oligonukleotydami na microarray. Niezhybrydyzowane fragmenty są wymywane, a pożądane fragmenty są eluowane. Fragmenty są następnie amplifikowane przy użyciu PCR .
Roche NimbleGen jako pierwszy zastosował oryginalną technologię DGS i przystosował ją do sekwencjonowania nowej generacji. Opracowali konkatenację Capture Human Exome 2.1M Array, aby wychwycić ~ 180 000 egzonów kodujących. Operacja ta oszczędza czas i jest ekonomiczna w porównaniu z metodami opartymi na PCR. Agilent Capture Array i porównawcza macierz genomowa hybridization to kolejne metody, które można wykorzystać do hybrydowego wychwytywania obiektywnych sekwencji. Ograniczenia w tej technice obejmują ponadto konieczność stosowania drogiego sprzętu jako stosunkowo dużą ilość DNA .
Zdjęcie 163A | Exome sequencing przepływ pracy: część 2. | SarahKusala / CC BY (https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Exome_Sequencing_workflow_1b.png) z Wikimedia Commons
Autor : Yavor Mendel
Komentarze
Prześlij komentarz