Początkowo zaproponowano sekwencję nici jako narzędzie do ujawniania wymiany chromatyd siostrzanych. Będąc działaniem zlokalizowanym w poszczególnych komórkach, DNA sekwencjonowanie więcej niż jednej komórki całkowicie rozproszy te efekty i sugeruje brak zdarzeń SCE. Dodatkowo, klasyczne techniki sekwencjonowania pojedynczych komórek nie są w stanie pokazać tych zdarzeń z powodu heterogenicznych błędów amplifikacji i informacji o konkatenacji dwuniciowej, co wymaga sekwencji nici. Korzystając z informacji o dopasowaniu odniesienia, badacze mogą ujawnić SCE, jeśli zmieni się kierunkowość odziedziczonej nici szablonu.
Rozpoznawanie zdezorientowanych kontigów
Zdezorientowane kontigi są obecne w genomach referencyjnych w znacznych ilościach (np. 1% w genomie referencyjnym myszy). Strand-seq, podczas gdy konwencjonalne metody sekwencjonowania, mogą odkryć te dezorientacje. Zdezorientowane kontigi występują tam, gdzie dziedziczenie nici zmienia się z jednego stanu homozygotycznego na inny (np. WW na CC lub CC na WW). Dodatkowo ta zmiana stanu jest widoczna w każdej bibliotece Strand-seq, wzmacniając obecność zdezorientowanego kontigu.
Zdjęcie 263A | Wyjście BAIT, wyświetlające liczniki odczytów dla obu nici Watsona (W, zielony) i Cricka (C, niebieski). Każdy odczytany słupek wyliczeniowy pokazuje liczbę analiz dopasowanych do konkretnego 200 kb bin referencyjnego genomu. Z tego miejsca można wywnioskować dziedziczenie wątku szablonu rodzicielskiego. Na przykład, jeśli obie kopie segmentu chromosomalnego 200 kb w komórce potomnej zostały zsyntetyzowane z nici matrycowych Watsona w komórce rodzicielskiej, byłoby to reprezentowane przez duży zielony słupek wskazujący wyłącznie wyrównanie W w tym regionie chromosomalnym. Ponadto, przełączenia między homozygotycznymi i heterozygotycznymi stanami dziedziczenia nici matrycowej są interpretowane jako wymiany chromatyd siostrzanych (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Autor : Yavor Mendel
Komentarze
Prześlij komentarz