Zaczynając od pytania biologicznego, eksperyment ChIP-on-chip można podzielić na trzy główne etapy: Pierwszym jest przygotowanie i rozmieszczenie eksperymentu poprzez wybranie odpowiedniej macierzy i typu sondy. Po drugie, rzeczywisty eksperyment jest wykonywany w mokrym laboratorium. Na koniec, podczas suchej części cyklu w laboratorium, zebrane dane są analizowane, aby odpowiedzieć na wstępne pytanie lub doprowadzić do nowych pytań, tak aby cykl mógł się rozpocząć od nowa.
Część przepływu pracy w laboratorium mokrym
W pierwszym etapie białko będące przedmiotem zainteresowania (POI) jest sieciowane z miejscem DNA, z którym wiąże się w środowisku in vitro. Zwykle odbywa się to poprzez delikatne wiązanie formaldehydu, które jest odwracalne pod wpływem ciepła.
Następnie komórki poddaje się lizie i DNA przecina się przez sonikację lub nukleazę mikrokokową. Daje to w wyniku dwuniciowe fragmenty fragmentów DNA, naturalnie o długości 1 kb lub mniejszej. Te, które były usieciowane z POI tworzą POI-DNA complex .
Zdjęcie 127A | Przegląd przebiegu eksperymentu ChIP-on-chip. | Zirguezi / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:ChIP-on-chip_workflow_overview.svg) z Wikimedia Commons
Autor : Milos Pawlowski
Komentarze
Prześlij komentarz