Różnica między snRNA-seq i scRNA-seq

SnRNA-seq wykorzystuje raczej izolowane jądra komórkowe, aby profilować formę ekspresji genów. Oznacza to, że scRNA-seq mierzy zarówno transkrypty cytoplazmatyczne, jak i jądrowe, z drugiej strony snRNA-seq naturalnie mierzy transkrypty jądrowe (chociaż niektóre moce transkryptów są przyłączone do surowej endoplazmatycznej reticulum i częściowo zachowane w preparatach jądrowych). Dzięki temu snRNA-seq może przejść tylko do jądra, a nie do całej komórki. Z tego powodu, w porównaniu z scRNA-seq, snRNA-Seq jest bardziej odpowiedni do profilowania ekspresji genów w komórkach trudnych do izolacji (np. Adipocyty, neurony), dodatkowo jako zakonserwowane tkanki.

Ponadto jądra potrzebne do snRNA-seq można szybko i łatwo uzyskać ze świeżych, lekko utrwalonych lub zamrożonych tkanek, podczas gdy izolowanie pojedynczych komórek do jednokomórkowej sekwencji RNA( scRNA-seq) obejmuje wydłużone inkubacje i przetwarzanie. Daje to badaczom umiejętność uzyskiwania transkryptomów, które nie są tak zaburzone podczas izolacji.

Zdjęcie 271A | Podstawowe eksperymenty snRNA-Seq, które nie wykorzystują przepływu pracy DroNC-Seq, byłyby zgodne z protokołem podobnym do tego | Simkrai / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Basic_snRNA-Seq_Workflow.png) from Wikimedia Commons

Autor : Yavor Mendel

Referencje:

Techniki biologii molekularnej II

Narzędzia biologii molekularnej VI